HiChIP技术，全称为：in situ Hi-C followed by chromatin immunoprecipitation，由斯坦福大学Howard Chang实验室于2016年开发，并于《Nature Methods》上发表的一种用于研究（Mumbach et al., 2016）特定蛋白介导的全基因组DNA-DNA相互作用的技术。该技术首先进行细胞核内原位基因组DNA消化和邻近连接，再用特异的抗体富集目的蛋白介导的完成邻近连接的嵌合DNA分子，进而在全基因组范围内精确地识别目的蛋白的DNA顺式调控元件及其在三维空间中的组织方式。 HiChIP融合了Hi-C和ChIA-PE…

Hi-C（High-throughput chromosome conformation capture），高通量染色质构象捕获技术研究全基因组范围内整个染色质在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱，更加全面阐述染色质三维结构。同样，Hi-C 可以与 RNA-Seq、ChIP-Seq等多组学数据进行联合分析，进而从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。

ChRD-PET（Chromatin-associated RNA-DNA interactions followed by paired-end-tag sequencing）, 一种植物RNA-DNA互作研究技术，其主要原理是利用特异组蛋白修饰抗体，通过染色质免疫共沉淀富集DNA-RNA-蛋白质复合物，用一种生物素标记的DNA bridge linker，将复合物上空间接近的RNA和DNA进行连接，通过高通量测序获得DNA和RNA交互的数据。利用这一技术，研究人员构建了水稻H3 ChRD-PET和H3K4me3 ChRD-PET数据，分别表征染色质结合RNA在全基因组上的结合位点，以及染色质结合RNA与H3…

ChIA-PET技术，全称为：Chromatin Interaction Analysis by Patred-End sequencing，由2009年新加坡基因组研究院的阮一骏教授研究组在《Nature》上首次发表，是一种鉴定目的蛋白介导的全基因组DNA调控元件远程相互作用的高效技术。该技术是染色质免疫沉淀技术(ChIP)和邻近连接(proximity ligation) 的组合，利用能识别目的蛋白的特异抗体，通过染色质免疫共沉淀技术，特异性地富集目的蛋白和DNA的复合体；然后对复合体中的DNA进行末端修饰和临近连接，将线性距离较远、但空间上临近的两…