ChIA-PET技术，全称为：Chromatin Interaction Analysis by Patred-End sequencing，由2009年新加坡基因组研究院的阮一骏教授研究组在《Nature》上首次发表，是一种鉴定目的蛋白介导的全基因组DNA调控元件远程相互作用的高效技术。该技术是染色质免疫沉淀技术(ChIP)和邻近连接(proximity ligation) 的组合，利用能识别目的蛋白的特异抗体，通过染色质免疫共沉淀技术，特异性地富集目的蛋白和DNA的复合体；然后对复合体中的DNA进行末端修饰和临近连接，将线性距离较远、但空间上临近的两个DNA片段连接在一起，进而捕获远程互作的DNA调控元件

ChIA-PET 技术的出现，对于识别具有单一功能性转录因子的结合位点是一个重要突破，相比较ChIP-Seq 技术，ChIA-PET 技术在确定结合位点的同时，能够确定结合位点间的相互作用。另外，ChIA-PET技术通过超声打断DNA-蛋白质复合体，有效减少因利用限制性内切酶引入的一系列相互作用的噪音。ChIA-PET技术为进一步研究基因组三维空间结构与功能提供了完整解决方案。