RNA-Seq技术，全称为：RNA sequencing。是一种利用高通量测序技术（NGS）对生物样本中所有转录产物（RNA）进行全面、快速测序的技术。该技术通常利用mRNA特有的“尾巴”（polyA尾）将其从总RNA中分离出来。然后将mRNA反转录成更稳定的cDNA。在cDNA片段两端连接上特定的短二代测序接头，随后进行后续的建库、测序和分析。

RNA-Seq数据能鉴定到几乎所有种类的转录本；确定基因的转录结构;并且在不同处理条件下量化每个转录本的表达水平。RNA-Seq能无偏绘制高分辨率全球转录组图谱，它允许以经济且准确的方式进行基因表达量化和多组样本间的差异基因表达分析。RNA-seq能无需参考基因组即可发现新的转录本，能对以前未研究过的物种转录组进行denovo组装。