scRNA-seq技术，全称为：singlecell RNA sequencing，2009年Tang等人在《Nature Methods》发表了题为“mRNA-seq: whole-transcriptome analysis of a single cell”的论文，首次实现了单个细胞全转录组的分析，标志着单细胞RNA-Seq技术的诞生。scRNA-Seq是在单细胞水平对转录组进行测序的一项技术。scRNA-seq技术通过微流控技术分选单个细胞，然后将带有barcode和引物的胶珠与单个细胞包裹在油滴中，并在中完成细胞的裂解以及mRNA的捕获，随后mRNA逆转录最终生成含有Borcode和UMI的cDNA，最后进行测序文库的构建与测序分析。

传统的RNA-seq分析（称为“bulk”）测量的是细胞混合物中的转录本，只能得到细胞群体的平均转录表达水平。这种方法无法揭示细胞群体内的异质性。scRNA-seq技术能够精确理解异质性细胞群体的转录组状态，适用于分析肿瘤组织等包含多种细胞类型（如肿瘤细胞、免疫细胞、成纤维细胞和内皮细胞）的样本。