单细胞ATAC-seq技术，全称为：Single-Cell Assay for Transposase - Accessible Chromatin using sequencing。是一种用于探索单个细胞水平上染色质可及性的高通量测序技术。该技术通过转座酶将测序接头插入到每个细胞内染色质的开放区域，然后将每个细胞分配到带有唯一barcode引物的液滴中，使得每个细胞中的开放染色质区DNA都带有唯一的 barcode。并将打断后的染色质DNA收集在一起，进行后续的建库、测序和分析。

bulk ATAC-seq通常是针对整个的个体而言，反应的是数千个细胞的平均染色质的开放状态。scATAC-seq技术从单细胞水平上去鉴定不同细胞类型的染色质开放区域，可以有效区分样品中不同的细胞亚群的开放染色质区域及差异peak信息。